Jmol
Jmol, een gratis open-source Java molecuul bekijker voor chemische structuren in 3D met functies voor chemicaliën, kristallen, materialen en biomoleculen.

Enkele Kenmerken
  • Gratis, open-source software onder de GNU Lesser General Public licentie
  • Applet, Applicatie, en Systeem Integratie Component
  • Meertalig
  • neemt automatisch de taal van het besturingssysteem over als de taal beschikbaar is als vertaling. Indien gewenst kan je een andere taal instellen.
  • Platform onafhankelijk
  • Ondersteund alle belangrijke web browsers: Internet Explorer, Mozilla en Firefox, Safari, Google Chrome, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...
  • Hoge 3D-weergave prestaties zonder hardwarevereisten
  • Bestandsformaten (zie de rubriek bestandsformaten op Jmol Wiki)
  • Animaties
  • Vibraties
  • Oppervlakken
  • Orbitalen
  • Ondersteuning voor eenheidscel en symmetrie operaties
  • Schematische vormen voor secundaire structuren in biomoleculen
  • Metingen: afstand, hoek en torsiehoek
  • Ondersteuning voor RasMol/Chime scripttaal
  • Bibliotheek voor ondersteuning JavaScript (Jmol.js)
  • Uitvoer naar jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, idtf, web pagina.
  • Voor meer informatie, zie de geschiedenis van de ontwikkeling.

Systeemvereisten
  • Versie 1.6.0 Build 27 GA5 (2013-02-17)
  • Genoeg geheugen om mee te werken, 512Mb is meestal voldoende


Jmol op een eComStation machine met Open JDK


Installeren van Jmol
Download Jmol-14.20.2-binary.zip. Maak een map(directory) "jmol". Open het zip bestand en ga in de subdirectory "jmol-14.20.2" staan. Kopieer de bestanden uit deze map(directory) naar de nieuwe map "jmol". Dat is alles. Wis de bestanden jmol, jmol.bat, jmol.mac en jmol.sh. Ik heb niet geëxperimenteerd met jsmol.zip, de volgende kandidaat voor de prullenbak.

Het jmol.cmd bestand
Deze versie van Jmol werkt met Open JDK in OS/2-eCS. Enkele menu onderdelen zoals het downloaden van samples werken niet meer. De ontwikkelaar heeft mij verteld dat in de toekomst een hogere versie van Java nodig is. Vandaar dat enkele onderdelen niet meer werken met onze versie van Java. Ik heb een jmol.cmd bestand met de volgende inhoud;
@echo off
set path=[station:java]\JAVA160160ga5\bin
set BEGINLIBPATH=[station:java]\JAVA160160ga5\bin
set CLASSPATH=
[station:jmol]
cd [station:jmol]\jmol
java -Duser.home=[station:jmol]\Jmol -Duser.language=nl -Xmx512m -jar jmol.jar 2>jmol-14_20_2-bugs.txt
Ik gebruik 2 aparte mappen (directories), een voor Java en een voor Jmol met de door het programma aangemaakte bestanden. De in het cmd bestand gebruikte verwijzingen

  • [station: java] = station with Java
  • [station: jmol] = station with Jmol

moeten dus vervangen worden door echte schijfletters. Bewaar het bestand en geef het de naam "jmol.cmd" of gebruik het bestand uit onderstaande distributie. Dit bestand wordt gekopieerd naar de "jmol" map(directory). Verder kunnen paden anders zijn, pas dit naar behoefte aan. Er zijn meer opties beschikbaar, ga naar Starting_Jmol_Application.
Maak een nieuw programma object. Geef pad en de bestandsnaam op: "[station: jmol]\jmol\jmol.cmd". In het tabblad Sessie de selectievakjes "OS/2 venster", "Starten als pictogram" en "Venster sluiten bij einde programma" aanvinken. In het tabblad Algemeen kan bij naam "Jmol" worden opgegeven.

Parameters / opties verklaard
  • Met de opgave "-Duser.home=[station: jmol]\Jmol" wordt ervoor gezorgd dat Jmol alle benodigde bestanden in de eigen directory opslaat inplaats van in de Home directory.
  • De specificatie "-Duser.language=nl" stelt de gebruikte taal in voor de menu's. Standaard wordt en_US gebruikt. In de download staat de taal op Nederlands, je kunt dit deel wissen voor als je Engels wenst of je wijzigt dit in jouw taalvoorkeur.
  • De specificatie "-Xmx512m" komt uit opstartbestanden voor andere OS systemen en de wiki pagina. De "-Xmx512m" geeft de maximale grens van het te gebruiken geheugen aan.
  • De toevoeging "2>jmol-14_20_2-bugs.txt" zorgt ervoor dat alle probleem meldingen (bugs) bewaard worden in het bestand "jmol-14_20_2-bugs.txt". De 2 in "2>" is geen typefout! Als je geen rapporten wenst kun je dit onderdeel ook weglaten. Ik heb de download niet aangepast, er staat dus nog een oude versie in het voorbeeld commandbestand. Ik neem aan dat het idee wel helder is.

Download
In het bestand zitten bovenstaande cmd bestanden (alle schijfletters staan op C:) en een OS/2 Jmol icon: jmol-ecs.zip.

revisie 16 juli 2017